Данный вопрос регулируется Федеральным конституционным законом от 30.05.2001 N 3-ФКЗ (ред. от 03.07.2016) "О чрезвычайном положении". Отвечу в общих чертах – более подробную информацию можно почерпнуть в тексте Закона.
На территории, на которой введено чрезвычайное положение, указом Президента Российской Федерации может вводиться особое управление путём создания:
1) Временного специального органа управления территорией, которому могут быть переданы полностью или частично полномочия органов исполнительной власти субъекта РФ и органов местного самоуправления. Руководитель данного органа назначается Президентом РФ. В его подчинение переходит Комендант территории, на которой введено чрезвычайное положение, который по должности становится первым заместителем Руководителя.
2) Федерального органа управления территорией (в случае если первый вариант не сработал, при этом временный специальный орган управления территорией прекращает свои полномочия). Руководитель назначается Президентом РФ. Полномочия органов государственной власти субъекта РФ и органов местного самоуправления приостанавливается, а их функции возлагаются на федеральный орган управления территорией. Комендатура входит в структуру федерального органа управления территорией. Комендант является первым заместителем руководителя федерального органа управления территорией.
Откуда берётся комендант – отдельный вопрос. Статья 18 Закона