Ваш вопрос очень закономерный, т.к. со времён Дарвина прошло уже полтораста лет, но противники дарвинизма как правило (часто — сознательно) апеллируют к давно решённым проблемам ещё позапрошлого столетия (таким, как "парадокс Дженкина" wikipedia.org).
Помимо кумулятивнного накопления материалов (таких как результаты археологических экспедиций), можно выделить несколько основных направлений.
Во-первых, Дарвин, гениально заметив механизм естественного отбора, не мог объяснить его механику, т.к. ДНК ещё не была открыта. И хотя Г. Мендель отправил ему свою работу и тот её читал, Дарвин не увидел её потенциала. В первой половине ХХ в. была создана синтезная теория эволюции, в которой данные генетики и положения дарвинизма органично дополнили друг друга.
Во-вторых, со времён Дарвина было поставлено множество доказывающих эволюцию опытов. Классический вариант — эксперименты с дрозофилами. Но есть и более близкие к повседневности примеры. Скажем, массовое применение антибиотиков привело к быстрой эволюции бактерий, вызывающих некоторые болезни, и в очень скором времени, скорее всего, от антибиотиков придётся отказаться за их неэффективностью — во всяком случае, приходится слышать такой прогноз.
В-третьих, Дарвин был человеком своего времени. Консервативная викторианская мораль настаивала на постепенности всех преобразований, поэтому в работах Дарвина эволюция шла равномерно. Сегодня мы знаем, что есть периоды замедления и ускорения темпов эволюции. Оба связаны с изменениями в окружающей среде: устойчивые, давно сложившиеся сообщества не благоприятствуют вариациям, в то время как после крупных катаклизмов освобождающиеся ниши быстро заполняются новыми видами.
В-четвёртых, ещё сам Дарвин предложил теорию полового отбора, но, по выражению А. Маркова, это была "гениальная, но непонятая идея". Сегодня эта теория обрела вторую жизнь (например, её активно использует О. Лавджой).
Что же касается эволюции человека — самой ангажированной стороны теории Дарвина — то в этой области за ХХ, и особенно начало ХХI века было совершено множество прорывов. Обилие археологических находок привело исследователей к выводу о нелинейном характере эволюции homo. Если ещё лет 20 назад в школах её подавали стадиально (т.е. австралопитеки дружно эволюционировали в homo erectus, те — в homo habilis, те в свою очередь — в homo neanderthalentis, а неандертальцы — в кроманьонцев), то сегодня твёрдо установлен факт, что на Земле до самого последнего времени сосуществовали разные ветви рода homo, и только недавно (ок. 27 тыс. лет назад) осталась одна наша. Благодаря исследованиям палеогенетиков, сегодня мы также знаем, что неандертальцы не были прямыми предками нас с вами, но зато могли скрещиваться с нашими предками и передали нам около 2,5-3% ДНК. Относительно недавно был обнаружен ранее неизвестный вид homo, т.н. "денисовец", описанный только по расшифрованной ДНК из фаланги мизинца. На текущий момент палеонтологи отказались от выделения единственного фактора, объяснявшего бы направление эволюции homo, а рассматривают их в совокупности. Также они очень осторожны в своей терминологии, и часто вместо homo sapiens говорят о "человеке современного анатомического типа".
Существует множество другие не менее важных и любопытных открытий. Я очень рекомендую почитать книги А. Маркова ("Эволюция человека. В 2 книгах" (2012); "Рождение сложности. Эволюционная биология сегодня. Неожиданные открытия и новые вопросы" (2010) и К. Еськова (Удивительная палеонтология: История Земли и жизни на ней. М., 2008), а также их курсы на postnauka.ru и лекции на YouTube.
Антибиотики не действуют на вирус. Их применяют против бактерий.