С чисто географической точки зрения - это разные регионы.Алтайский край имеет более менее равнинную местность, особенно севернее Бийска.Потом начиная с Быстрянки уже явная холмистая местность.А ближе к границе с Республикой Алтай - начинаются горы, потому и Горный Алтай.Как уроженец Алтайского края, впервые летом 2015 года побывал в Горном Алтае.Это два похожих и в то же время разных региона.
Когда в 1990 году Ельцин призвал брать суверенитета, кто сколько может, автономные области стали выходить из состава субъектов, чтобы получить российское подчинение, а может и союзное. Процесс выделения Горно-Алтайской автономной области из Алтайского края начался в 1990 году и завершился 3 июля 1991 года принятием соответствующего закона РСФСР - образовалась Республика Алтай.