Я лично ставил Яндекс.Касса, Робокасса, эквайринг от сбербанка. Для всего этого есть готовые плагины (бесплатные). Вообще, вариантов платежных систем масса.
У меня сайт тоже на Woo Commerce, я поставил себе платежный агрегатор Енот, у них есть готовый плагин, просто скачиваешь, ставишь и все работает