Если у компании одна тематика (перманентный макияж), но при этом три направления в этой области — учебный центр, салон и магазин, и, в свою очередь, каждое из этих направлений представлено в двух городах (Москва и Иркутск), то лучше иметь один сайт или несколько разных по направлениям и/или по городам?
Возможны разные варианты в зависимости от задач. Если все три направления приносят существенные доходы, возможно, стоит их разделить на несколько сайтов. Например, сделать интернет-магазин, отдельный сайт для учебного центра и салона. Если какие-то направления вторичны, возможно, под них не стоит делать отдельные сайты.