Добрый день!
В реестр устанавливается контейнер ЭП, в состав которого входит и сертификат (файл с расширением ".cer"). Если Вам необходимо получить (скопировать) именно сертификат, это Вы можете сделать через Панель управления - Свойства браузера - вкладка Содержание.
Если же Вы имеете в виду, что КриптоПро не видит Вашу подпись, то в данном случае Вам необходимо обратиться в техническую поддержку центра, выпустившего Вашу ЭП, так как отсутствие контейнера в списке КриптоПро, в большинстве случаев, означает отсутствие данной ЭП на компьютере.
Удачи вам!