Я думаю, сейчас на ваш вопрос никто не ответит. сейчас на 6 курс перешли первые студенты, которые будут играть по новым правилам. Со следующего года убирать интернатуру, и, видимо, тогда и разделение станет существенным. На 01.09.2016 возможности были равны. А теперь -- сложно сказать.
Но в целом ориентируйтесь на то, с кем вам хотелось бы работать. Но вот в чём нюанс -- очень многие меняют точку зрения по этому вопросу в процессе обучения :)
Тут, конечно, только Вам выбирать- что ближе. Единственное, могу сказать, что после педиатрии Вы сможете работать и взрослым врачом, и детским, а вот после лечебного факультета только детским, то есть выбор будет чуть меньше)
А расскажите, какие специальности не доступны педиатрам из тех, что доступны лечебникам?