Скорей всего, Вы используете в своем вопросе рациональность в смысле Декарта, который хоть и был правоверным католиком, но все-таки не томистом. Аквинат же как и практически вся теологическая традиция до негоб не противопоставлял разум-вере. Напротив, принципом всякого размышления для них была "вера, ищущая понимания". То есть ни вера не была иррациональной, ни разум не мыслился "чистым". Философия же не противопоставлялась теологии а вливалась в нее, как река в океан.