Если при переустановки системы вы форматируете диск D (полагаю, что на нём не стоит Windows), то данные сотрутся. Можно оставить всё как есть, отформатировав только диск С как системный раздел. Но в таком случае много мусора от старых "загрузок", программ, игр, останется на D. Если есть какая-то важная информация, которую не хочется потерять, лучше скинуть её на внешний накопитель, или в какое-нибудь облако. А потом всё установить начисто. Так работа системы будет стабильней.