Могу ли я вернуть в магазин дополнительную гарантию на телефон, если она отдельно прописана в чеке?

По большому счету не важно, прописана ли дополнительная гарантия в том же чеке, что и сам телефон, или отдельно. Сертификат дополнительной гарантии - это по сути договор на оказание услуг / выполнение работ по ремонту техники. Такие договоры можно расторгнуть по основаниям, предусмотренным законом "О защите прав потребителей" и самим договором. Приведу примеры.

• Чаще всего от дополнительных гарантий отказываются по причине их ненадобности.
  Покупали телефон, продавец сел на уши и уговорил взять гарантию, но дома поняли, что можно обойтись и без нее. В таком случае можно написать в магазин заявление об отказе от сертификата доп. гарантии по статье 32 ЗоЗПП. Статья разрешает отказываться от договоров на услуги / работы в любой момент. Нюанс только один: у магазина есть право удержать с вас сумму своих фактических расходов, понесенных в связи с исполнением договора. Лучше всего отказываться от гарантии по этому основанию до начала ее действия.
• Магазин / сервисный центр нарушает условия дополнительной гарантии.
  В сертификате гарантии обычно указан срок, в течение которого обещают отремонтировать технику. При нарушении этого срока вы можете расторгнуть договор на доп. гарантию и потребовать возврата всей ее стоимости (ст. 28 ЗоЗПП). Также если необоснованно отказывают в ремонте по доп. гарантии, делают его некачественно, можно расторгнуть договор и вернуть деньги по ст. 29 ЗоЗПП.
  Во всех случаях для расторжения договора о дополнительной гарантии и возврата денег нужно обращаться с письменной претензией в ту компанию, которая выдала сертификат. Срок возврата денег - 10 дней.