Что именно у вас в автозапуска я не знаю и чем занимаетесь на компьютере тоже. Но драйвер будет грузится независимо от состояния автозапуска, поэтому видеокарта продолжит работать в штатном режиме.
Да можно, снять с автозапуска nvidea game center, на состоянии компьютера плохо не скажеться. В вопросе не указано для чего(смысла в этом большого нет).