Добрый день.
Полагаю, что суд не примет в расчёт размера понесённых по делу судебных расходов стоимость сертификата электронной подписи. Его оплата не связана непосредственно с рассмотренным делом.
Сертификат электронной подписи, точнее его стоимость, в судебные издержки не будет включена, так как право на судебную защиту не поставлено в зависимость от его оформления. Аналогичная ситуация сложилась со стоимость оформления доверенности.