Добрый день, Хасбулла.
Можно и даже всё будет работать, но так делать не рекомендуется. Второй слот только физически соответствует PCI-e x16, но при ближайшем рассмотрении часто оказывается, что электроразводка сделана под x8. То есть видеокарта в этом слоте будет работать не на максимум.
Другой момент, что второй слот PCI-e обычно делит шину данных с каким-то подключенным дисковым накопителем. Это так же в ряде сценариев будет приводить к снижению производительности.
Поэтому используйте второй слот, только если необходимо подключить вторую видеокарту или если сомневаетесь в исправности основного слота. В противном случае, использование слота не рекомендуется ни мной, ни производителем материнской платы.