В вашем вопросе есть доля истины, но все не так плохо. Вынашивать детей способны далеко не все, а только здоровые женщины (реже, больные, но компенсированные). В свою очередь эмбрион достигает срока 40-42 недель в живом состоянии, только если у него нет грубых хромосомных перестроек. Да, есть редкие страшные генетические заболевания, но обычно люди, которые ими болеют, очень редко продолжают род по состоянию здоровья. Чаще бывает, что живут себе здоровые люди и у них рождается тяжело больной ребенок. Это особенности рецессивного типа наследования (википедия поможет). И здесь важно отсутствие близкородственных связей, как например в некоторых южных и восточных странах. В принципе генетический груз остается примерно постоянным, и нет тенденции к картине постапокалипсиса. Выживает ведь по прежнему более приспособленный.
На счет опасности близкородственных связей хорошо написали в N+1 https://nplus1.ru/news/2015/04/17/Hutterites