Нотариус собщил, что умерший как 6 мес назад, является до сих пор генеральным директором ООО, как это возможно?

ООО-это фикция. Никакое юридическое лицо не может существовать без физического лица-руководителя, через которого оно и действует в реальном мире.

Исключение сведений о руководителе означало бы прекращение деятельности  юридического лица с исключением сведений о нем из реестра.

Налоговая в этом отношении ничего не делает сама автоматом, а если и делает, то в рамках мероприятий по вычищению реестра от недействующих лиц. Для этого нужно выявить несоответствие сведений, либо отсутствие деятельности в течение годового периода, вынести решение о предстоящем исключении из реестра, уведомить общество, опубликовать решение, выдать срок на исправление и предъявление возражений кредиторов, а только потом исключать. А перед эти составить план проверок, утвердить и реализовать его.

Возможно, с течением времени, все перечисленное и произойдёт. Но не факт, что за 6 месяцев и даже за год. Но до этого в реестре будет оставаться "мёртвое" ООО с умершим руководителем.