ООО заложило доли в УК, в выписке ЕГРЮЛ имеется запись с номером договора, но даты не совпадают. Считается ли обременение действителтным?

Да. Вероятнее всего, в базе данных в силу человеческого фактора образовалась ошибка. В противном случае появилась бы информация об отмене наложенных ограничений.

АКР СПб - Кадастровые и геодезические услуги, регистрация недвижимости

Если там нет данных об отмене ограничений и возврате средств, то обременение действительно в настоящее время. Даты могут не совпадать, потому что могли занести с ошибкой в базу, либо случайно поставили дату внесения данных в базу. Это человеческий фактор.