Это слово не "унижает", а полностью "уничтожает". Вот что нам говорит Фасмер:
"уничижи́ть — уничиже́ние. От цслав., др.-русск. уничьжити, уничижати «осуждать, порицать», ничьже «ничто» наряду с ничьтоже."
Ну всё-таки слово, судя по предоставленной вами справке, происходит не от 'уничтожать'