Два этих слова происходят от лат. cardinālis «главный, основной». Кардинальное отличие - главное отличие. Кардинал - высший (после папы) духовный сан в католической церковной иерархии. Оба слова исходят от одного корня, но в русском языке образовались отдельно друг от друга.