Здравствуйте! Если Вы создаете загрузочную флешку через официальную программу Media Creation Tool, то она при записи сама отформатирует носитель в нужный формат, GPT или MBR - это способ разметки жесткого диска, а не загрузочной флешки.
Флешку? Каким образом? GPT и MBR это виды разметки (варианты записи самой системы) - под запись системы. Но не самой флешки, а система записывается с определённой разметкой. А самой флешкне, грубо говоря пофиг☺.
В какой разметке писать это зависит от Вашей подсистемы. Какая сейчас стоит разметка на основной системе, такая и нужна.
Только пишите не Руфусом, если не хотите проблем.