Если первая поездка в Прагу - это вообще Ваша первая поездка, то лучше воспользуйтесь турагентством. Если же кое-какой опыт путешествий у вас есть, то, конечно, лучше ехать самостоятельно (причём это касается любого города). Вы можете гулять по понравившимся местам так долго, как вы этого захотите (а не в составе экскурсии - быстро посмотрели, сфотографировали, пошли дальше). Благо, в интернете полно информации о Праге - куда сходить, что посетить, есть куча аудиогидов. Причём, на мой взгляд, Прага как раз такой город, по которому нужно гулять, гулять и ещё раз гулять.