Шаг 1: узнаём, важно ли для супругов в принципе иметь общую фамилию. Чаще всего, тут всё и заканчивается, потому что у гомосексуальных браков нет многолетних традиций, а с рациональной точки зрения пользы в смене фамилии ноль.
Шаг 2: Если общую фамилию всё-таки хочется, выбираем по принципу благозвучия.
Возможный шаг 3: Двойная фамилия. Но такую обычно дают детям.
Спойлер: в гетеросексуальных, а также лесбийских парах всё то же самое.