Ответ в обоих случаях - "исторически так сложилось". Что касается линий метро, то назвать линию по двум конечным станциям - что может быть удобнее? Ну и как-то заранее не продумали, что конечные станции со временем будут меняться.
А вообще, мало кто сегодня сможет ответить, почему две самые старые линии метро в Москве называются Арбатско-Покровская и Горьковско-Замоскворецкая (ныне Замоскворецкая).
С первой половиной названия справиться легко, Арбатскую станцию каждый знает, да и Горьковскую (ныне Тверскую) тоже найти нет проблем.
Сложнее найти станцию Покровская (осталась непостроенной под Покровской Площадью) и станцию Москворецкая (осталась непостроенной под Москворецкой набережной).
Кировско-Фрунзенской линии в этом отношении повезло больше. Когда станцию Кировская переименовывали в "Чистые пруды", всю линию волевым решением переименовали в Сокольническую, и больше её наименование уже ни у кого вопросов не вызывало.