Потому что это безграмотное использование слова амплитуда. По оси y должно быть отложено что-то вроде "добавочное давление звука". Амплитуда будет лишь огибающая этого графика (которая, конечно может быть отрицательной, но обычно ее стараются сделать положительной, когда это возможно).
для функции y(t) = A(t)*sin(wt), которая изображена на рисунке ампилитуда это именно A(t), а не сам y
А почему нет-то?
Дёрните гитарную струну - она будет колебаться туда-сюда, как в плюс, так и в минус относительно своего исходного состояния. Молекулы воздуха рядом со струной будут повторять эти колебания. Молекулы рядом с этими молекулами будут повторять за ними с небольшим затуханием.
В этом и есть смысл звуковой волны)
Отрицательной амплитуды не может быть точно так же, как не бывает отрицательной температуры.