Добрый день! Поясница может болеть по самым разным причинам, в том числе от повышения нагрузки на нее во время бега, и это кажется самая очевидная причина - вибрации, аккомодационная функция и тройная нагрузки веса тела приходится именно на этот отдел. Однако, одной из неочевидных причин боли в пояснице является спазм жевательной мускулатуры, спазм затылочных мышц и нарушение прикуса.
В любом случае, первично необходимо обследовать именно спину, возможно, заменить обувь для бега и приобрести специальный корсет (по рекомендации врача-ортопеда).