Потому что Долгано-Ненецкий АО изначально входил в состав Красноярского края, но при этом являлся самостоятельным субъектом. Если Вам интересно, как это происходит, что самостоятельный субъект входит в состав другого - живым примером являются Ханты-Мансийский и Ямало-Ненецкий АО, которые хоть и являются субъектом с собственными органами исполнительной и законодательной власти, являются частью Тюменской области.
Скажем так, было бы не целесообразно присоединять субъект к совершенно другой административной единице, которая тем более принадлежит к Тюменской области.
Именно поэтому Долгано-Ненецкий был присоединен к Красноярскому краю и по сей день является его частью и каких-либо изменений в этом плане явно не планируется.