Фрукт - это способ распространять семена. Фрукт нужен, чтобы его съело животное, зачастую относящееся к конкретной таксономической группе (например, птица), захватив при этом семена, которые, однако, не должны при всем этом пострадать. Поэтому фрукт не должен созреть раньше, чем семена станут готовыми "защитить себя". И еще он зачастую должен быть достаточно крупным, чтобы привлечь нужных животных в нужном количестве.
Плюс есть чисто онтогенетические особенности (особенности дифференцирования клеток, например).
А еще, задавая этот вопрос, нужно помнить о том, что "естественные" фрукты гораздо меньше и не так презентабельны, как фрукты, отселекционированные человеком. И хранятся меньше. Так что в природе весь процесс выглядит не совсем так, как в саду.