Видимо, произошли какие-то сбои в уходе за растением. Возможно яблоня слишком сильно ветвится или была подморожена. Могла повлиять неправильная или несвоевременная обрезка. Причиной мог стать недостаток или избыток подкормки. Кроме того, важно нормировать завязи, и если это не было проделано, могло оказать влияние. Влияние оказать могли также вредители или болезни.
У меня такое было, когда наступили резкие холода и сами плоды просто на просто замерзли. Возможно, если у вас тоже были резкие климатические перепады температуры, то и результат отразился на плодах.