По той же самой причине, почему и другие страны не признают своих военных преступлений: за любые преступления надо отвечать и нести наказание.
Дело в том, что потерпевшая сторона может вполне подать в суд на агрессора и потребовать компенсаций (привет ЕСПЧ или трибуналу ООН в Гааге).
Какой смысл признавать преступление и получать в ответ иски от десятков тысяч граждан другой страны, которые утратили дома и кормильцев, если можно этого просто не делать?
Да и всегда присутствует электоральный рейтинг, который также влияет на подобные решения. Чаще всего любые устраиваемые бойни родному народу преподносятся как необходимые и совершенные лишь с точки зрения защиты. Реже это объясняется фразой: "Сорян, мы же воевали, а на войне всякое бывает ¯\_(ツ)_/¯". И если вдруг на внутренней политической арене появляется человек, который готов подорвать славу и гордость своего народа за счет признания зверств, которые этот народ совершил силами своих военных, то он просто не набирает достаточного количества голосов на выборах. Национальную гордость никто не отменял. А если он не выбирается на руководящий пост, то и официального признания делать некому.
Япония не будет признаваться в каком-либо геноциде или военном преступлении до тех пор, пока это ей станет не выгодно. Например это может быть обмен на прекращение борьбы с Китаем за спорные острова в Восточно-китайском море, так как для Поднебесной это может быть выгодно с точки зрения пропаганды. Сомневаюсь, что другие страны, в т.ч. Полинезии и Океании могут предложить что-то достойное взамен.