Я бы скорее так поставил вопрос: "Почему японцы не умеют говорить по-английски ". Потому что проблема состоит не в том, что они не могут выучить его, а в том, что они не могут применять его для общения. У японцев достаточно высокие знания лексики и грамматики, но плохие навыки коммуникации.
Причин есть несколько и я назову главные из них, по моему мнению:
1) Фонетика. В японском языке две слоговые язбуки - хирагана и катакана (+ иероглифы). По этой причине японцы разделяют большинство звуков в рамках слогов. Это можно хорошо проследить в английских заимствованиях в японском языке. Англ. bag - яп. baggu (バッグ), англ. hotel - яп. hoteru (ホテル) и т.д. Более того, в японском языке отсвтует звук "Л", поэтому русское имя "Лера" по-японски будет звучать больше как "Рэра".
2)Способ преподавания языков в Японии, и во всей Азии, отличается от западного. Ещё с давних времен китайский язык активно изучался японскими аристократами, что подразумевало перевод и чтение. Этот метод преподавания до сих пор распространён в Японии, хотя мы и можем наблюдать значительные изменения в последние годы. Думаю, сущесвует ещё много разных проблем, которые препятствуют изучению английского языке в Японии на которые тоже стоит обратить внимание, например, культура, но основные причины были названы выше)