Потому что коты и кошки - одинаковое значение. То есть, кошка это женский род, а кот - мужской. Но про кошек мы тоже вполне себе можем сказать кот. Котов же мы тоже называем кошками. Вообще коты и кошки так и называются - их "название" - кошки. А сам мультфильм называется "Три кота". Ведь "Три кошки" звучит не очень приятно.