Почитал ответы - и больно и смешно. По сути каждый из отвечавших тупо начал фантазировать в поддержку неоднозначного утверждения заложенного в вопрос, искривляя ответ под свои убеждения и предвзятость.
По сути вопроса. Начнём с того, что фразеологизм "мужское достоинство" содержательно относится с культуре поведения и психологии разделяющей и поддерживающей набор сильных, стереотипно-мужских личностных качеств, т.е. те, которые в культуре, литературе и в условиях влияния патриархальных ценностей рассматривались как очень важные качества для мужчины, буквально мужская честь(кстати тут обращу внимание что честь также нередко синонимично слову "часть". Это стоит учитывать в особенности потому, что как раз таки потому, что понятие чести существовали и отчасти существуют у обоих полов.) - смелость, гордость, мужество, ответственность и т.д. В более узком(и более старом) значении иронично часто это были просто сильные/агрессивные/горделивые черты, которые часто были привязаны не столько к непосредственно характеру и отношению людей, сколько как показатель принадлежности к группе, как правило к дворянскому роду или роду крупных офицеров армии, но что неизменно, так это то, что оно всё также было про вопрос мужской чести, т.е. про достойное мужчины поведение.
"мужское достоинство" в качестве обозначения мужских гениталий используется же в переносном значении, иногда в шутку, использоваться оно начало достаточно недавно, насколько я могу предполагать по сути лишь ради одной цели - +- культурно обойти цензуру и/или перераспределить акценты, ибо использование альтернативных форм названия мужских гениталий часто либо привязано к контексту, области применения(например в медицине, истории и пр.), либо имеет более низкий речевой окрас, более того в современных условиях например употребление грубых выражений или сниженной лексики может отрицательно сказываться на рейтингах сайтов/блогов. Т.е. по сути данное словосочетание является чисто маской для сохранения содержания, при одновременном поддержании достаточно высокого уровня речевой культуры и речевой гигиены. В целом достаточно беглый поиск данного словосочетания по корпусам русскоязычных текстов приводит к тому, что данное выражение в данном значении начало активно употребляться(по крайней мере начало оставлять следы) с середины-конца 90-ых, предположу что в виду того, что по ещё советским стандартам пошлые темы как правило не выносились на широкое общественное обсуждение, более того существующие тексты 19-20-ого(до распада союза) века из тех корпусов по которым я смотрел, используют данное словосочетание исключительно в значении синонима мужской чести и отчасти смелости