Решающую роль здесь сыграл геополитический фактор. Мальта занимала стратегически важное положение на пересечении средиземноморских путей. Контроль над ней играл первостепенную роль для осуществления военных операций.
Наполеону во время Египетского похода было важно обеспечить надёжный тыл своей армии. Однако отношения Франции с Мальтой на тот момент являлись весьма натянутыми. Формально орден соблюдал нейтралитет в войне второй коалиции, но при этом рыцари поддерживали тесные контакты с Россией и Англией. Британский флот использовал Мальту как перевалочную базу для своих кораблей.
Связи мальтийского правительства с врагами революционной Франции могли негативно сказаться на успехе экспедиции в Египет. Наполеон писал, что не мог позволить коалиции завладеть «островом, имеющим столь большое значение в силу своего положения, удобства и безопасности его порта и мощи укреплений». Таким образом, французский консул намекнул и на большие богатства Ордена и хорошую фортификацию. Всё это и привело к тому, что в июне 1798 года французский флот под предлогом решения вопроса с питьевой водой захватил Мальту.