Наиболее объективная причина это температурный режим, а не выхлопные газы и выбросы (крупные предприятия работают круглосуточно, например). Именно из-за того, что температура воздуха снижается, он и кажется более свежим и отсюда приятным. Плюс перестают нагреваться различные искусственные материалы, выделяя специфические запахи, замедляются процессы опыления у растений, перестают так активно разлагаться отходы в мусорке. Возможно незначительно влияет и то, что ночью меньше визуальных и слуховых раздражителей и обоняние немного обостряется. Но в основном из-за более низкой температуры нам кажется, что воздух стал чище, а запах приятнее.
Возможно, потому что днём много машин, выхлопные газы, на предприятиях и заводах работают какие-то агрегаты, а ночью это все замолкает. И летом днём бывает душно и поэтому неприятно.