Весьма удивлен постановке вопроса, было бы здорово, если бы вы указали примеры. Из личного опыта могу сделать вывод, что товары, относящиеся к традиционному ассортименту аптек (презервативы, тесты на беременность, аскорбинки, гематоген) в супермаркетах стоят как раз дороже, чем в аптеках. Доходит до парадоксального: в центре зала гипермаркета Спар находится фирменная Спар-аптека, в которой большая упаковка презервативов (12 шт) стоит рублей на 200 дешевле, чем на кассе того же гипермаркета. И вполне логичное обоснование: большинству людей лень тратить время, прикладывать усилия заходя в специализированные магазины и они готовы немного переплатить за удобство купить всё сразу.
Аптеке надо зарабатывать, так как множество лекарств входит в перечень ЖНВЛП и цены на них регулируются государством. Что бы выйти в прибыль аптеки продают все с дикой наценкой, то что не входит в перечень жизненно важных лекарственных препаратов. Это презервативы, косметика, зубные пасты, БАДы и тд.