Сила сопротивления, оказываемая веществом напрямую зависит от его плотности. Плотность воды намного больше плотности воздуха.
При выстреле пуля выходит из ствола с определенной кинетической энергией (энергией движения). Когда пуля летит, она помимо всего прочего расходует свою энергию на работу против силы сопротивления, которая у воздуха меньше, чем у воды. Соответсвенно, в воде энергия расходуется быстрее, что не дает пуле пролететь так же далеко, как в воздухе.
По моему мнению, пуля пролетает лишь пару метров в воде из-за сопротивления воды. Вода замедляет скорость пули.
Ещё могу предположить, что пуля оружия летит так сказать "разогретая", а вода её "охлаждает".
Надеюсь, мой ответ был полезен для Вас.