Значительную часть папки Windows (и со временем, все бóльшую) занимает папка WinSxS. Там хранятся старые версии системных файлов, которые заменяются при установке обновлений для Windows. Эта папка и приводит к постепенному увеличению объема папки Windows - со временем она может разрастись до 15 гигабайт и выше.
Очистить старые версии обновлений можно разными способами, самый простой - утилита «Очистка диска», подпункт "Очистка обновлений Windows".
Почти все остальные советы, что дали выше - все-таки не про папку C:\Windows :)