Очень часто случается так, что с течением времени слова приобретают совершенно разные, порой внешне никак не связанные значения.
Согласно этимологическому словарю, эти два значения "средний" и "злой" произошли под влиянием двух разных языков, и изначально это были разные слова.
Разберем значение "средний" - появилось примерно в 14 веке из старофранцузского языка от слова meien - средний, тот, что посередине; корнями восходит к латинскому medianus.
Значение "злой" имеет более длительную и запутанную историю и уже не франко-латинские, а германские корни: примерно в 12 веке в было в ходу слово imene, от староанглийского gemæne в смысле "общий; тот, которым владеют все". Похожее слово было во многих германских языках. Можно даже отследить общий корень с современным словом common, вот эта часть "-mon" в целом напоминает "mean". А дальше значение "общий" стало приобретать негативную окраску "общий - значит ничейный, ничейный - значит не очень хороший, второсортный, низкосотрный, плохой". И так к 17 веку превратилось в "плохой, злой".
Но, на самом деле, что латынь, что протогерманский - все произошли от древнего индоевропейского языка. Если проанализировать, то значения "mean-meien-средний" и "mean-gemæne-общий" также имеют общие семантические элементы.
Отвечая на ваш вопрос, у меня у самого возник вопрос к вашему вопросу (3!). Я специально не заглядываю в переводчик, и напишу, что всегда думал: "mean" означает "подразумевать".
Примеры: i mean it's not so; it means that you're stupid (не про вас)