Не у всех. Иоанн, Иаков, Симон, Иуда, Варфоломей aka Нафанаил, Матфей, Фаддей, Фома - всё это иудейские имена. Греческие имена - это Андрей и Филипп. Тут сказывается влияние эллинизма - на протяжении нескольких столетий Иудея была частью государства Селевкидов и тесно взаимодействовала с греческой культурой: иудеи ходили в греческие гимнасии, греки нередко перенимали иудейскую веру. Ну, и предписания по поводу того, какими именами называть детей, номинально даже в современном христианстве нет. Наконец, Пётр и Павел - это не имена, а прозвища, причём Петра Иисус назвал не Петром, а Кафа - камень, и лишь потом это прозвище было переведено на латынь.
Насколько я знаю, у всех апостолов были еврейские имена, которые трансформировались по схожести звучания в более привычные нам латинские или греческие варианты, а например, имя апостола Петра произошло от прозвища "камень", данное Иисусом.