Исходя из того, что пишут Slate, англоязычная Вики и Минобр США:
Сейчас в Американских школах преимущественно используется система:
A (Excellent)
B (Good)
C (Average, Fair)
D (Poor, Pass)
F (Failure)
В колледжах система варьируется, добавляются плюсы и минусы, разные критерии выставления оценок. В некоторых местах используются другие системы (четырех-, шести- и одиннадцатибалльные, например).
В первых версиях этой шкалы, появившийся в конце 19 века, самой низкой оценкой была как раз E. К ней в ходе балансировки системы быстро добавилась F, и около тридцати лет они существовали бок о бок. А потом E исчезла.
В качественного основного объяснения Slate как-то неуверенно пишет, что если F ярко ассоциируется с "Failure" и прочими отрицательно окрашенными словами, то у E есть коннотация с "Excellent".
А Википедия дополняет, что параллельно с алфавитной системой до середины двадцатого века была очень популярна система E-S-N-U и ее модификации:
E (Excellent)
S (Satisfactory)
N(needs improvement; "NI" was also used interchangeably)
U (unsatisfactory)
И с этим дополнением становится понятно, что запутаться действительно было очень легко, поэтому E и выкинули от греха подальше.