Элементарно же. Йогурт не польется через узкое горлышко. А само по себе узкое горлышко бутылок - историческая традиция. Бутылка закрывалась натуральной пробкой, материалом очень дорогим. Узкая пробка намного более доступна, чем широкая.
Наливать газировку из широкого горлышка тоже, кстати, не особо удобно.