Зачинателем Реформации и протестантизма традиционно считается Мартин Лютер. Однако, лет за 100 до него читал свои проповеди декан философского факультета Пражского университета Ян Гус. Во многом его идеи, критика существующего католицизма совпадали с тем, что позже выдвигал Лютер. Ещё, однако, не последнюю роль играло всё более разрастающееся засилье немцев в стране, на что Я. Гус также старался обратить внимание. Дальше его осудили, несмотря на обещания императора Священной Римской империи. В ответ начались Гуситские войны, которые имели как религиозную составляющую, так и являлись своего рода национально-освободительным движением. Радикальная часть гуситов потерпела поражение, но умеренные последователи остались в стране.
Когда началась Реформация, идеи протестантизма нашли в Чехии-Богемии благодатную почву, и в итоге начался их синтез со старыми гуситскими идеями.
В 1618 году протестантизм доминировал в Чехии. Но габсбургские правители старались его подавить. В итоге это привело к жуткой Тридцатилетней войне. Для Чехии это была и война за религию, и за национальную независимость. Соответственно, поражение в битве при Белой горе чехи воспринимали и воспринимают примерно так же как сербы свою неудачу в битве на Косовом поле - как национальное поражение. После этого на 300 лет утвердилось засилье Габсбургов и немецкое иго.
Разорённую и обезлюдевшую страну Габсбурги силой вернули в лоно католической церкви. Те, кто не желал отречься от протестантизма, были вынуждены бежать. Но с тех пор католические священники воспринимались весьма скептически - как вещающие и проповедующие от имени оккупантов.
Разумеется, не последнюю роль сыграло, что из всех земель образовавшейся позже Австрийской империи, Чехия-Богемия стала одним из самых передовых промышленно-развитых регионов. А вот скажем, в преимущественно сельской Словакии (хотя там и не было таких перипетий, что у западных родственников) влияние церкви сохранилось значительно больше.
В новейшее время мы наблюдаем два вектора атеизма. Западный "новый атеизм"в странах европейской цивилизации. И марксистский / постмарксистский - характерный для стран бывшего соцлагеря.
Чехия это та страна где действует оба течения. Отсюда двойной эффект. Кстати как и в Эстонии. Если не ошибаюсь это две самые "богатые" атеистами страны в мире.
Не претендую на истину в последней инстанции, но думаю, что чем выше уровень образования и культуры, тем больше атеистов - так и с Чехией. Люди находят в жизни ответы на интересующие их вопросы минуя общение с церковью, она им просто не нужна в силу критического мышления и научного подхода к информации.
Потому что за иной ответ в Чехии много веков жгли, вешали, сажали на кол и элиминировали другим образом. Вас же не удивляют безоружные и дружелюбные британские "бобби" после пятисот лет виселиц за чих, чох и украденный пенс? Условный рефлекс, однако.
Скорее всего, там очень хорошо поставлено высшее естественнонаучное образование. И школьное естественнонаучное тоже. Другой причины я не вижу. Всякие реформации, о которых говорят тут другие люди - всего лишь выяснения того, чья религия лучше, и к атеизму никакого отношения не имеют.
В Чехии много атеистов, потому что там считают правильно. Если бы и в России считали правильно, то и у нас их было бы гораздо больше! Мы ведь не тупее чехов! Это руководство страны хочет, чтобы народ поменьше бунтовал, вот и навязывает нам религию.