Почему в романе "Мастер и Маргарита" в эпилоге говориться, что Марго и Наташа исчезли, а в 30-ой главе они умирают? Так что же на самом деле произошло?

А где вы прочитали, что Наташа умирает? Она попросила, чтобы её оставили ведьмой:

"– Душенька, Маргарита Николаевна, – умоляюще заговорила Наташа и стала на колени, – упросите их, – она покосилась на Воланда, – чтобы меня ведьмой оставили. Не хочу я больше в особняк! Ни за инженера, ни за техника не пойду! Мне господин Жак вчера на балу сделал предложение. – Наташа разжала кулак и показала какие то золотые монеты.

Маргарита обратила вопросительный взор к Воланду. Тот кивнул головой. Тогда Наташа кинулась на шею Маргарите, звонко ее расцеловала и, победно вскрикнув, улетела в окно."

Про исчезновение Маргариты и Наташи в эпилоге - это только, так сказать, версия следствия.

А вообще, если так посмотреть, то ведь и Мастер "умирает". А потом идёт прощаться с Бездомным. 

"Разве для того, чтобы считать себя живым, нужно непременно сидеть в подвале, имея на себе рубашку и больничные кальсоны?" (с)