Почему в течении тысячелетий женщины считались ограниченными, неспособными и даже известные философы иногда высказывали такую точку зрения?

Кем-то считались, кем-то отнюдь.

1. В патриархальном обществе у мужчин в целом больше власти, по определению. Те, кто получает власть над другими: хоть армейские деды, хоть рабовладельцы, хоть оккупанты, хотят воспринимать себя хорошими, моральными, и при этом помыкать людьми, которые их ничуть не хуже. Это решается совершенно универсально: через психологическую защиту "обесценивание", дегуманизацию тех, кем помыкают. Типа, те не совсем люди. "Курица не птица, баба не человек".

2. Второй механизм - встречный. Оба, кстати, хорошо исследованы в социальной психологии, см. любой учебник. - Девочки начинают ВЕРИТЬ, что они менее способны к математике и т.п. То есть гендерные стереотипы становятся мощным внушением, "самореализующимся пророчеством". Подобные вещи чётко прослеживались и в отношении расовых стереотипов. 

Ну и ваще. Круто же верить, что я лучше/умнее и т.п. только потому, что дворянин, или папуас, или мужчина, или знаю, где ударение в слове "звонит")))