Мне кажется, что эта подсознательная симпатия происходит из внутреннего сострадания, что ли. Человек хоть и независим и горд, но внутри, вероятнее всего, страдает из-за своей обособленности, зависти "положительным героям", которых все любят. Вот мы и начинаем невольно испытывать жалость по отношению к ним, перерастающую в симпатию. Ну и не будем забывать, что обычно "плохиши" - те еще красавчики :)
Мне часто нравятся отрицательные герои, т.к. их поступки более логичны. Главный герой в последние десятилетия представляется нам как обычный человек с которым происходят чудеса, ему безумно везет, он-избранный, в нем дремлют какие-то силы и т.д. А злодей честно отыгрывает свою роль, без подарков судьбы и чудес.
Наверное, "из зависти".
"Плохиши" - эгоисты, уверенные в себе и своём праве чуть ли не на что угодно. А оно как бы в каждом человеке есть, но не каждому позволяет "раскрыться" воспитание и/или боязнь осуждения социумом)
будешь тут симпатизировать..