Сергей, для ремонта стеклопластиковой лодки нужно использовать эпоксидную смолу, так как именно из нее производят этот самый стеклопластик. «Эпоксидка» обладает отличной гидроизоляцией. По клеевым показателям полиэфирная смола сильно уступает эпоксидной смоле.
Отмечу важный момент: применение полиэфирной смолы на изделие из эпоксидной смолы вызовет к негативные последствия, категорически не рекомендую это делать.
Для изготовления нового корпуса однозначно лучше полиэфирная - более пластичная. Для ремонта старого также однозначно лучше эпоксидная - лучше прилипает к старой основе.