Понимают ли бактерии, что на них смотрят и изучают под микроскопом? Возможно ли, что люди изучаются подобным образом, но мы даже не подозреваем об этом?

Во-первых ,у бактерий нету воспринимающих рецепторов ,что бы "смотреть "

Во-вторых ,процессы мышления и осознания требуют высокого развития нервной системы ,коей бактерии не имеют

Ну если уж кванты (мельчайшие частицы материи) это понимают (см. эффект наблюдателя), то почему бы бактериям что-то такое не понимать. Только они нам об этом не расскажут.