От теории Дарвин не отказывался совершенно точно.
Но и демонстративно против христианства тоже не выступал. По письмам и работам можно проследить эволюцию его взглядов от христианства к деизму, агностицизму, антиклерикализму. Т.е. наиболее радикальные высказывания против религии как института. Допуская при этом существование Творца запустившего однажды мир как часы и не участвующего далее в существовании мира.
Слухи о том, что будто бы что-то там на смертном одре вернулся к Богу не имеют никаких реальных оснований и являются стандартной историей придумываемой народом про знаменитых людях имевших особое отношение к религии. Даже и про Сталина подобное выдумывали.