Большую часть жизни Чарльз Дарвин был довольно крепким христианином (в противовес своему отцу-атеисту, кстати) и даже окончил богословский факультет Кембриджа со степенью «бакалавр теологии». Писал в преклонные годы своему товарищу Фордайсу: «В самые крайние моменты колебаний я никогда не был атеистом в том смысле, чтобы отрицать существование Бога». Да и в заключении «Происхождения видов» есть допущение, что акт божественного творения имел место: «Есть величие в этом воззрении на жизнь с ее различными силами, изначально вложенными Творцом в одну или незначительное число форм; из такого простого начала возникали и продолжают возникать несметные формы, изумительно совершенные и прекрасные».
При этом Дарвин внимательно и очень буквально трактовал библейские книги, поэтому разочарование в религии и агностицизм читаются в ряде его переписок, начиная от путешествия на "Бигле" и вплоть до смерти.
Дарвин никогда не отказывался от своей теории, потому что это единственная возможность (и это верно до сих пор, при всех усовершенствованиях популяционной генетики) объяснить разнообразие жизни на нашей планете. Собственно, она "теория" потому, что крепко стоит на фактах, в отличие от прочих домыслов и рассказок, претендующих на подобное объяснение.
В целом, я нахожу этот вопрос довольно незначительным, потому что теория эволюции никак не высказывается в отношении бога, его наличия и роли его интерфейсов-религий в жизни людей. Эволюция - это научный факт, который напрямую не касается заплаток на страхе смерти.