Там скорее всего были чисто бытовые причины.
Ну представьте как недолюбливают друг друга два соседних народа:
поляки и русские, история взаимных конфликтов. армяне и азербайджанцы, французы и немцы, турки и болгары итд.
Эти две группы казаков веками проживали рядом и если откровенно, то большая часть их экономики была связана с добычей от походов. Это только в 18-м 19-м веках сельское хозяйство стало набирать вес в их ВВП.
И если большие походы всего войска как-то организовывались атаманами, чтобы не грабить соседей, то было много стихийных походов одиночек и мелких ОПГ, которые крали скот, лошадей и девушек не отходя далеко от дома. Как и их предки из Степи много веков до этого.
Да, потому что донские казаки всегда были ориентированы на Москву, а запорожские на кого угодно - на Москву, на Краков, на Рим, даже на Стамбул. Соответственно, первые видели во вторых суетливых предателей, а вторые в первых - рабов Москвы. Хотя вольница до поры до времени у них была одинаковая.
Но кто же круче?
Может быть и так. Но если и была некоторые разногласия то на бытовом уровне, более чем уверен. Суть казаков - это один народ. Не генетически а ментально скорей всего. И как у всех даже родственников бывают некоторые расхождения во многом. Но что бы сказать что они враги - так нельзя
Казаки не народ, а сословие.