Программатор работает, но при подключении к плате, перестаёт обнаружаться системой.
Значит в данном случае, без выпаивания микросхемы из платы прошить её не удастся. Внешняя обвязка микросхемы памяти мешает программатору её определить. Следует выпаять - прошить - впаять обратно.